非平衡理論を駆使しイオン伝導度計算の高速高精度化に成功 東京科学大学（Science Tokyo）（*）総合研究院 化学生命科学研究所の佐々木遼馬助教、館山佳尚教授、クイーンズランド大学のデブラ・サールズ教授らの研究グループは、全固体電池の固体電解質 ...

全原子古典分子動力学法による高分子物性計算の全自動化に成功した初のオープンソースソフトウェアRadonPyを公開 スーパーコンピュータ「富岳」等の計算資源を活用し、10万種類以上の分子骨格を包含する高分子物性データベースを開発するプロジェクトを ...

分子力学法、分子動力学法、半経験的分子軌道法、非経験的分子軌道法、密度汎関数法、第一原理計算を、直感的な操作でご利用いただけます。 専門家による受託計算も行っており、お客様の新材料、新素材の研究開発を支援します。 これから分子 ...

－生体内環境を考慮した酵素と阻害剤の結合シミュレーション－ 理化学研究所（理研）生命機能科学研究センター分子機能シミュレーション研究チームの杉田有治チームリーダー（開拓研究本部杉田理論分子科学研究室主任研究員、計算科学研究センター ...

さらに、これらのタンパク質のMD計算には10～20時間の計算を要した一方、DEFMapを用いた予測は数分で完了したことから、本手法は運動性解析に関わる大幅なコスト削減を可能にします。

理化学研究所（理研）科技ハブ産連本部医科学イノベーションハブ推進プログラム（MIH）医薬プロセス最適化プラットフォーム推進グループの松本篤幸研究員、奥野恭史グループディレクター（MIH副プログラムディレクター、京都大学大学院医学研究科教授 ...

東京工業大学(東工大)は5月13日、多数の「分子動力学(MD)シミュレーション」を実行し、上手く行った状態から条件を変えてシミュレーションを再実行するサイクルを繰り返すことで、長時間現象を短時間の計算で観察できる「並列カスケード選択分子動力学 ...

理化学研究所（理研）杉田理論分子科学研究室の杉田有治主任研究員、李秀栄研究員、渡部茂久研修生（研究当時）、グローバル研究クラスタ糖鎖構造生物学研究チームの山口芳樹チームリーダーらの国際共同研究グループ（※）は、分子動力学（MD）計算 ...

MD計算の目的の一つに指定された熱力学条件における系の性質を解析・予測することが挙げられます。特定の温度での状態をシミュレーション上で実現するために，系の自由度に対する熱浴からの影響を何かしらの形でモデル化します。そのモデル化には ...

東京科学大学（Science Tokyo） 総合研究院 化学生命科学研究所の佐々木 遼馬 助教、館山 佳尚 教授、クイーンズランド大学のデブラ・サールズ 教授らの研究グループは、全固体電池の固体電解質などで重要となるイオンの協同運動を考慮し ...

Constant pH MDは，あるpH条件（例えばpH=7.0）において脱プロトンorプロトン状態の存在比をMD計算で予測するための手法です。複数のpH条件下で脱プロトンorプロトン状態の存在比を計算（=滴定曲線を計算）することにより，pKaを予測することに繋がります。